Roquée sur les pentes du Mont Subasio, Assise vante de prestigieuses origines romaines comme témoigne de nombreux matériel lapidaire et épigraphique de la zone. Dans ces vestiges il y a, bien conservée, la façade du Temple de Minerve, les restes du Forum, l'amphithéâtre, les murs Romains. Après la chute de l'Empire Romain la ville fut possédée par les Gothes, autour de 545. Plus tard, la ville tomba sous les mains des Lombards. Autour de l'an 1000, elle devint une commune indépendante.

Pendant cette période elle connut un développement extraordinaire surtout grâce aux mouvements monastiques (surtout les Bénédictins).

Autour de 1180 il y eu la naissance du plus fameux de ses citoyens, San François.

En 1202, pendant la guerre avec la voisine Pérouse, François fut fait prisonnier et tenu en prison pour plus d'un an. De 1206, il se dédia au service de Dieu, dans la séquelle de Christ, àtravers l’aide aux pauvres, en vivant pauvre lui même. Célèbre fut son refus public, dans la place d'Assise, à tous les biens de son riche père. Francesco sera proclamé saint en 1228, seulement deux ans après sa mort, par le Pape Grégoire IX.

La ville fut d'abord sous l'empire et ensuite sous la papauté. Successivement ce fut le tour des seigneuries comme celle de Gian Galeazzo Visconti, de la famille de Montefeltro, du Braccio Fortebraccio et de Francesco Sforza, jusqu'à la moitié du seizième siècle, lorsque l'Ombrie fut conquise par le Pape Paul III qui édifia la célèbre "Rocca Paolina" à Pérouse et rétablit le contrôle papal sur la ville. Plus tard, dans le dix-neuvième siècle, la ville devint part de la naissance de l’Etat Italien, ensemble aux autres villes de l'Ombrie.